Para fazer a contagem dos produtos que estão no estoque siga os passos a seguir:
Vá até Relatórios > Estoque ou SHIFT+F3
Agora selecione a opção 02 – Estoque atual geral – Balanço;
Ordenado por Descrição e Filtrar por Ativos;
Coloque o nome do inventario por exemplo: Inventario 2015;
Marque a opção Arquivar inventario para o SPED fiscal;
Clique em vídeo se quiser imprimir ou exporta pra um arquivo em PDF ou Excel a seu criterio;
Depois e só conferir o estoque físico e mandar o arquivo pra contabilidade.